Dintre Ţările Române, Moldova a fost dintotdeauna promotoarea consecventă a învăţământului teologic. Încă din 1640, în cadrul Academiei Vasiliene, la loc de cinste între ştiinţe se studia „theologhia”.
În secolul al XVIII-lea, în cadrul Academiei de la Putna (cu funcţionare atestată documentar între 1774 şi 1782), se studia, de asemenea, teologia pentru cei care aveau să devină preoţi. Aceasta era, de altfel, singura instituţie de învăţământ care pregătea candidaţi pentru hirotonie. Tot în Moldova, la Iaşi, prin 1803-1804, a luat fiinţă primul Seminar din Ţările Române, numit de marele istoric Constantin Erbiceanu „Sorbona românilor”. Mai târziu, în cadrul Academiei Mihăilene, ale cărei cursuri au fost inaugurate în anul 1835, teologia se studia la nivel universitar, cu o durata de patru ani.
Academia a devenit ulterior Universitatea ieşeană, care urma să poarte numele fondatorului ei, „Alexandru Ioan Cuza”. La inaugurarea Universităţii din Iaşi (26 octombrie 1860), Teologia a fost una dintre cele patru facultăţi fondatoare, împreună cu Dreptul, Filosofia şi Medicina.
Primii profesori ai Facultăţii de Teologie Ortodoxă au fost episcopii Filaret Scriban şi Vladimir Suhopan. Primul, preşedinte al Consiliului Academic, apoi prorector al Universităţii şi decan al Facultăţii de Teologie Ortodoxă, a predat Introducerea în Vechiul Testament şi Arheologie Biblică. Vladimir Suhopan a predat Istoria şi Doctrina Bisericii. În 1860, Facultatea avea 14 studenţi, însă numărul lor s-a redus în anii următori din cauza dificultăţilor economice şi lipsei personalului didactic calificat corespunzător, fapt care a determinat şi închiderea ei.
După Marea Unire, în 1926, o facultate s-a deschis la Chişinău, fiind apoi contopită cu cea din Bucureşti, în 1941, când Basarabia devine parte a URSS. Printre remarcabilii profesori din acea vreme îi putem menţiona pe pr. Grigorie Pişculescu (Gala Galaction), Noul Tetament; Vasile Radu, Vechiul Testament; Constantin N. Tomescu, Istoria Bisericii Române; Cicerone Iordăchescu, Patrologie; Valeriu Iordăchescu, Teologie Morală; Ion Savin, Teologie Fundamentală; Arhimandritul Iuliu Scriban, Omiletica; N. Popescu Prahova, Drept canonic. În iulie 1990, cu prilejul instalării noului Mitropolit al Moldovei şi Sucevei, IPS Daniel, actualul patriarh al României, în cuvântul de instalare, între obiectivele propuse, l-a fixat şi pe acela de a redeschide Facultatea de Teologie.
Începând din anul universitar 1990-1991, în cadrul Mitropoliei de la Iaşi s-a reactivat Institutul Teologic de Grad Universitar, devenit în 1991, la solicitarea Universităţii „Al. I. Cuza”, facultate membră, cu drepturi şi obligaţii depline. Iniţial facultatea a funcţionat în spaţiul Primăriei, după care începând cu 1993 în clădirea fostului Seminar “Mitropolit Veniamin Costachi”, construit pe locul reşedinţei Prinţului Grigore Sturza.
Astăzi, singura facultate de teologie din Nord-Estul României, formează nu numai preoţi, ci şi specialişti în mai multe domenii, pe cele patru direcţii de studiu: Teologie Pastorală, Teologie Socială, Teologie Didactică, Artă Sacră, la toate nivelele de studiu: Licenţă în Teologie, Master în Teologie şi Doctorat în Teologie. Numărul tinerilor care studiază la Facultatea de Teologie Ortodoxă „Dumitru Stăniloae” din Iaşi este de 1050, la nivelul anului 2015.