Facultatea de Teologie Ortodoxă s-a adaptat noilor cerinţe ale învăţământului academic, răspunzând, în acelaşi timp, provocărilor societăţii moderne în tranziţie. Facultatea oferă cursuri la toate nivelele universitare (licenţă, master, doctorat), având următoarele specializări de licenţă:

1. Teologie Ortodoxă Pastorală;

2. Teologie Ortodoxă Didactică;

3. Teologie Ortodoxă Socială;

4. Artă Sacră.

Din 1998, Facultatea de Teologie Ortodoxă a organizat Studii aprofundate post-universitare, iar din anul universitar 2002-2003 cursuri de Master şi de Doctorat în Teologie.

Începând cu anul universitar 2005-2006, Facultatea de Teologie Ortodoxă s-a aliniat Declaraţiei de la Bologna, în conformitate cu hotărârile legislative în vigoare.